病原体宏基因组（mNGS）RNA检测

WHO2017年统计，全球每年4000万人罹患感染性疾病，在中国每年感染性疾病患者为1000万人，其中

18%~28.5%的患者病因不明；
600万肺炎/腹泻等患者中15%-25%病原病因不明确；
350万脓毒血症/血流感染患者中20%病原病因不明确；
50万脑炎/脑膜炎患者中40%-60%病原病因不明确。

由于无法进行病原体的正确诊断及正确治疗，从而导致患者家庭经济负担加重，并可能因治疗不当而导致患者伤残或疾病传染。

绝大多数感染性疾病是可以治愈的，然而病原体的检测周期过长或漏检就可能会导致患者健康严重受损甚至死亡。

临床工作中尽快明确病原是诊治感染性疾病的关键，mNGS是指宏基因组二代测序(MetagenomicNext-generationSequencing)，本检测项着重于基因的表达水平和转录本的多样性。用于检测病原体的RNA序列，尤其是mRNA，这能提供关于基因的表达情况和转录组的信息。

对已知基因组序列的27030种微生物通过宏基因组二代测序对样本中的RNA进行高通量测序，其中包括17278种细菌，8472种病毒，903种真菌，89种螺旋体和288种寄生虫。RNA检测流程适用于疑似RNA病毒感染时，如流感病毒呼吸道合胞病毒、冠状病毒等RNA病毒。疑似RNA病毒感染时，选择RNA检测产品。

检测对象

1、不明原因发热：持续发热超过四天，间歇性发热超过一周的病例；

2、急性综合性感染：社区/医院获得性感染，病原不明的呼吸道感染、重症肺炎、脑炎/脑膜炎、脓毒症等；

3、术后感染监控：手术、内窥镜诊疗(如各种肠镜、胃镜、膀胱镜等)后感染监控；

4、特异性感染:如肝炎、结核性感染、霉菌性感染等；

5、危重感染：重症感染患者快速病原菌筛查；

6、病因排查：常规手段无法诊断是否为感染性炎症或肿瘤性炎症或自免疫性炎症；

7、其他:特殊感染人群(器官移植、HIV)等。

临床意义

1、通过高通量测序，一次检测超过1万-2万种病原体，可以快速帮助临床明确感染的病原体，指导临床正确诊治。

检测样本 & 要求

三条总原则：

· 优先采集疑似感染部位的无菌体液；

· 不明原因发热且病灶部位不确定的，优先推荐采集静脉血；

· 采样过程遵从无菌操作原则，防止环境菌污染样本。

样本类型	取样量	存储条件	运输条件	耗材类型
静脉血	成人：5mL以上幼儿：3mL以上	常温	常温	BCT管
肺泡灌洗液胸水/腹水	5mL以上	-20℃保存1周－80℃长期保存禁止反复冻融	干冰	无菌螺口冻存管
脑脊液	2mL以上
痰液
其他无菌体液
实体组织	3*5mm