mNGS可以做到DNA和RNA共检吗

当然可以。mNGS（宏基因组下一代测序）技术完全可以同时进行DNA和RNA共检测，这也是其相比传统检测方法最强大的优势之一。这种能够同时覆盖DNA和RNA病原体的检测通常被称为mNGS（针对DNA病原体） + RNA-Seq（针对RNA病原体），在临床实践中也常被统称为“病原宏基因组测序”.

以下为您详细解释其原理、优势和应用场景：

1. 如何实现DNA和RNA共检？

共检并不是简单地将样本扔进一台机器就能自动完成，而是需要通过特定的实验室流程：

样本核酸提取：首先，使用特殊的提取试剂盒，从临床样本（如血液、脑脊液、肺泡灌洗液等）中同时提取出总核酸，这其中就既包含了DNA也包含了RNA。

逆转录（关键步骤）：提取出的总核酸中加入逆转录酶（Reverse Transcriptase），将所有的RNA（包括人源和病原的RNA）反转录成互补DNA（cDNA）。

构建测序文库：此时，样本中所有的遗传物质都变成了DNA形式（原本的DNA + 由RNA反转录来的cDNA）。然后使用通用的建库试剂盒对这些DNA进行片段化、加接头等处理，构建成可用于上机测序的文库。

高通量测序与生物信息学分析：对文库进行高通量测序后，产生的海量数据会经过专业的生物信息学流程：

去除人源序列：比对并过滤掉属于人类基因组的序列，以降低数据量，提高分析灵敏度。

分类比对：将剩余的序列与庞大的病原微生物数据库（包含细菌、DNA病毒、RNA病毒、真菌、寄生虫等）进行比对。

报告生成：最终生成一份报告，列出检测到的所有可疑病原体（包括DNA病毒和RNA病毒），并提供相关的读数信息。

2. DNA/RNA共检的巨大优势

无偏倚性（Broad-spectrum & Hypothesis-free）：无需预先猜测是哪种病原体，能够一次性筛查样本中所有潜在的病原体，包括未知的、罕见的、新发的病毒（如SARS-CoV-2、新型布尼亚病毒等就是通过此类技术发现）。

高效全面：一次检测即可覆盖几乎所有类型的病原体，特别适合危重、疑难、混合感染、免疫抑制患者的快速病因诊断，避免了传统“一种一种检测”的耗时过程。

发现意外病原体：经常能发现临床未曾考虑的病原体，为诊断提供全新方向。

3. 主要应用场景

这种技术通常不是一线首选，而是在传统方法无法明确病因时发挥关键作用：

不明原因发热（FUO）

不明原因的颅内感染（如脑膜炎、脑炎）

不明原因的肺炎（尤其是重症、免疫缺陷患者）

脓毒症休克的病原学诊断

机会性感染的诊断

4. 局限性

成本高昂：测序和数据分析成本较高。

技术要求高：对实验室的硬件、操作流程和生物信息分析能力有极高要求。

定植与感染区分难：检测出微生物序列并不等同于它就是致病元凶，需要临床医生结合患者症状、体征和其他检查结果综合判断。

灵敏度问题：在某些低病原体载量的样本中，可能会漏检。

总结来说，mNGS技术通过“逆转录”这一关键步骤，成功实现了对DNA和RNA病原体的共同检测。它是一种强大、无偏倚的病原体筛查工具，在疑难危重感染的诊断中发挥着不可替代的作用，是现代医学诊断技术的一项重要进步。

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